微量元素肥料主要是無機鹽類或氧化物，一些礦物、冶金的副產物或廢料常常可以用作微量元素肥料的原料，其生產方法與無機化工產品的生產方法相同。此外，還有兩種形態的微量元素肥料：一種是含有微量營養元素的玻璃態物質，由相應的無機鹽或氧化物與二氧化硅共熔制成；另一種是金屬元素的螯合物，例如銅、鐵、錳和鋅與乙二胺四乙酸(EDTA)制成的螯合物。這種螯合態微量元素肥料的使用效果好、速效，但是成本很高，尚未廣泛采用。
　　微量元素肥料施用方法有土壤施用和葉面噴施用兩種。由于單位面積的施用量很小，所以一定要用大量惰性物質稀釋后才能施用，施用不均勻時會毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用。通常采用下列兩種方法。
　　在生產常量顆粒肥料中混入  這種方法比較方便和經濟，不會產生養分不均勻現象，缺點是靈活性較差，難以滿足市場的多種要求。
　　把微量元素肥料粉末涂包在常量顆粒肥料的表面  這種操作可在二次加工廠進行，可隨時滿足市場的需要。常量顆粒肥料與微量元素肥料在小型混合器內混合約 1分鐘，然后噴入少量的油、水或微量元素鹽類的水溶液，并繼續混合，產品仍保持外觀干燥。
　　肥效
　　微量元素肥料的肥效跟土壤的性質有關。在堿性土壤中，除鉬的有效性增大以外，其他都降低肥效。對變價元素來說，還原態鹽的溶解度一般比氧化態鹽大，所以土壤具有還原性，鐵、錳、銅這些元素的肥效增大。土壤有機質中的有機酸對有些元素有配合作用，跟鐵形成的配合物能增大鐵的肥效，但會降低銅、鋅的肥效。
　　使用方法
　　土壤施肥   常用的微肥除化學肥料外（如硼砂、硫酸鋅、硫酸錳等）還有整合肥料、玻璃肥料、礦渣或下腳料，通常都用作基肥和種肥。其施用方法為：在播種前結合整地施入土中，或者與氮、磷、鉀等化肥混合在一起均勻施入，施用量要根據作物和微肥種類而定，一般不宜過大。如對水稻，硫酸鋅每畝施用1公斤，硼砂一般每畝用0.5公斤至1公斤，并要與廄肥等有機肥混合均勻基施，防止集中施用造成局部危害。
　　根外追肥   將可溶性微肥配成一定濃度的水溶液，對作物莖葉進行噴施。這種方法的優點是避免土壤中肥料不均勻而造成的危害，同時也可以在作物的不同發育階段，根據具體的需要進行多次噴施，以提高肥效。有條件的地區在大面積施用時可采用機械操作或飛機噴灑，一般噴灑濃度為0.01%至0.05%。
　　種子處理   播種前用微量元素的水溶液浸泡種子或拌種，這是一種最經濟有效的使用方法，可大大節省用肥量。如硼酸或硼砂的浸種液濃度為0.01%至0.03%。每500公斤種子僅用5升這種溶液。大豆用鉬酸銨拌種，每畝只需要10克至20克。